تقوم الأمانة العامة للجان بالأدوار التالية: 
- تقديم الدعم والمساندة القانونية والإدارية والفنية للجان.
 - الإشراف على كافة إجراءات معالجة الدعاوى وتبادل مذكراتها وتجهيزها.
 - دراسة الدعاوى وتحليلها من النواحي القانونية والمحاسبية والفنية وإعداد التقارير لعرضها على اللجان.
 - تقديم الدعم القانوني والإداري للجان قبل وأثناء عقد الجلسات. 
 - صياغة مسودة القرارات الصادرة عن اللجان، وتسبيبها وفقاً لما نصت عليه الأنظمة ذات الصلة.
 - إبداء الرأي والمشاركة في الدراسات المتعلقة بالأنظمة واللوائح ذات الصلة.
 - إجراء البحوث والدراسات والاستشارات القانونية والفنية.
 - استخلاص المبادئ من قرارات اللجان.
 - تصنيف القرارات التي تصدرها اللجان وتبويبها، تمهيداً لنشرها.
 - متابعة مؤشرات قياس أداء اللجان المعتمدة والمستهدفات الموضوعة.
 - إعداد إحصائية سنوية عن أعمال اللجان وقراراتها ومدد التقاضي.
 - توعية المتعاملين والأطراف ذوي العلاقة بالأحكام المتعلقة بالأنظمة ذات العلاقة.
 - اختزال القرارات النهائية وترجمتها ونشرها.
 - استقبال المراجعين والرد على استفساراتهم.