يتكون الهيكل التنظيمي من وزير المالية ويرتبط به الوحدات الادارية التالية :

1. مكتب الوزير .
2. الادارة العامة للمقررات والقواعد .
3. الامانة العامة لصندوق الاستثمارات العامة .
4. مصلحة أملاك الدولة .
5. المركز الوطني للمعلومات المالية والاقتصادية .
6. إدارة المصروفات العامة .
7. الادارة القانونية .
8. الإدارة العامة لتقنية المعلومات .
9. الادارة العامة للمتابعة .
10. المكتب التنفيذي بصندوق النقد الدولي .
11. المكتب التنفيذي بالبنك الدولي .
12. وكالة الوزارة للشئون الاقتصادية :-
    • إدارة الاقتصاد الوطني .
    • إدارة العلاقات الاقتصادية .
    • إدارة التعاون الانمائي الدولي .


13. وكالة الوزارة للخدمات المركزية :-
    • الإدارة العامة للمجمعات الحكومية .
    • إدارة كهرباء الناصرية .


14. وكالة الوزارة للشئوون المالية والحسابات :
    • إدارة الحسابات العامة .
    • الإدارة العامة للرقابة المالية .
    • إدارة متابعة حسابات الاقتراض الحكومي .
    • إدارة المستودعات الحكومية .


15. وكالة الوزارة لشئون الايرادات :-
    • إدارة الايرادات العامة .
    • إدارة مراقبة الايرادات العامة .
    • إدارة القروض المحلية والاعانات .
    • إدارة مراكز المؤتمرات والفنادق .
    • مصلحة مطابع الحكومة .


16. وكالة الوزارة لشئون الميزانية والتنظيم :-
    • إدارة الميزانية العامة .
    • الادارة المركزية للتنظيم والادارة .
    • إدارة تحليل التكاليف .


17. الإدارة العامة للشؤون الادارية والمالية للوزارة :-
    • الادارة المالية .
    • إدارة شؤون الموظفين .
    • إدارة التطوير الاداري .
    • إدارة الخدمات .
    • مركز الاتصالات الادارية .
    • إدارة المحفوظات والوثائق .
    • فروع ومكاتب الوزارة بالمناطق والمحافظات.